生物信息学数据库资源及分析工具

　　本书围绕生物信息数据资源的实际使用场景展开，系统梳理当前科研与教学中最常使用的数据库类型及其关联工具，旨在为读者提供清晰、可操作、可扩展的数据资源导航体系。全书以“数据类型”为线索，将核酸、蛋白质、代谢物、通路、表型以及疾病相关数据库等资源进行分门别类的介绍，并结合典型平台界面与功能示例，演示数据库在科研查询、信息整合与项目设计中的具体应用方式。
　　除了对主流数据库的结构和特点进行介绍之外，本书还对若干经典的序列分析与分子特征分析工具进行了示范性讲解。每个分析工具都展示了实际操作流程，包括数据输入格式、参数设置、运行方式以及结果输出的阅读与解释方法，使读者能够在明确工具原理的同时，掌握其在具体任务中的应用步骤。通过对典型功能模块的拆解与演示，读者可以逐步建立起独立完成基础生物信息分析的能力。

第一章 核酸数据库 1
第一节 核酸序列数据库 1
第二节 基因数据库 13
第三节 基因表达数据库 16
第四节 其他数据库资源 20
本章习题 25
参考文献 25
第二章 蛋白质数据库 27
第一节 蛋白质序列数据库 27
第二节 蛋白质家族和功能数据库 31
第三节 蛋白质结构数据库 34
第四节 蛋白质相互作用数据库 39
第五节 蛋白质时空分布数据库 42
本章习题 49
参考文献 49
第三章 代谢和小分子化合物数据库 50
第一节 人类代谢组数据库HMDB 50
第二节 PubChem数据库 53
第三节 ChEMBL数据库 56
第四节 DrugBank数据库 59
第五节 中医药数据库 62
本章习题 64
参考文献 65
第四章 基因功能注释和通路数据库 68
第一节 基因功能注释数据库 68
第二节 KEGG通路数据库 74
本章习题 81
参考文献 82
第五章 表观遗传数据库 84
第一节 Epigenomics数据库 84
第二节 ENCODE数据库 87
第三节 非编码RNA数据库 94
本章习题 100
参考文献 100
第六章 表型数据库 102
第一节 OMIM数据库 102
第二节 EGA数据库 105
第三节 ClinVar数据库 108
第四节 Orphanet数据库 111
本章习题 114
参考文献 114
第七章 癌症功能研究数据库 116
第一节 癌症基因组图谱TCGA 116
第二节 人类癌症体细胞突变目录COSMIC 120
第三节 药物基因组学数据集GDSC/CCLE 126
本章习题 131
参考文献 131
第八章 高通量测序资源数据库 133
第一节 NCBI SRA/EBI-ENA 133
第二节 CNCB-NGDC 136
第三节 单细胞测序资源 140
本章习题 144
参考文献 144
第九章 UCSC基因组浏览器 146
本章习题 150
参考文献 150
第十章 序列对比分析 151
第一节 序列比对介绍 151
第二节 两序列比对 152
第三节 多序列比对 168
本章习题 172
参考文献 172
第十一章 基因序列特征分析 173
第一节 基因注释 173
第二节 基因结构注释 177
第三节 基因功能注释 180
第四节 同源基因分析 183
第五节 启动子分析 185
本章习题 188
参考文献 189
第十二章 蛋白质序列特征分析 192
第一节 蛋白质结构预测 192
第二节 蛋白质特性分析 196
第三节 蛋白质亲疏水分析 199
第四节 跨膜结构分析 202
第五节 信号肽分析 204
第六节 磷酸化位点分析 206
本章习题 209
参考文献 210